（1）设2006年底至2008年底手机用户的数量年平均增长率为x，
依题意得50（1+x）²=72，
∴1+x=±1.2，
∴x₁=0.2，x₂=-2.2（不合题意，舍去），
∴2006年底至2008年底手机用户的数量年平均增长率为20%；
（2）设每年新增手机用户的数量为y万部，
依题意得[72（1-5%）+y]（1-5%）+y≥103.98，
即（68.4+y）•0.95+y≥103.98，
68.4×0.95+0.95y+y≥103.98，
64.98+1.95y≥103.98，
1.95y≥39，
∴y≥20（万部）．
∴每年新增手机用户数量至少要20万部．