肺炎双球菌是好氧细菌，为原核生物，无线粒体，但有与有氧呼吸有关的酶，所以可以进行有氧呼吸，A正确；
B、酵母菌既能进行有氧呼吸产生CO₂和H₂O，又能进行无氧呼吸产生酒精和CO₂，B正确；
C、细菌主要的生命活动都由拟核控制，相关的酶是由拟核中基因编码，C正确；
D、破伤风芽孢杆菌为厌氧细菌，适宜生活在无氧环境中，D错误．
故选：D．