一是大量赤潮生物集聚于鱼类的鳃部,使鱼类因缺氧而窒息死亡；
二是赤潮生物死亡后,藻体在分解过程中大量消耗水中的溶解氧,导致鱼类及其它海洋生物因缺氧死亡,同时还会释放出大量有害气体和毒素,严重污染海洋环境,使海洋的正常生态系统遭到严重的破坏；
三是鱼类吞食大量有毒藻类.
同时海水的PH值也会升高,粘稠度增加,非赤潮藻类的浮游生物会死亡、衰减；赤潮藻也因爆发性增殖、过度聚集而大量死亡.