在研究生物进化的过程中，化石是最重要的、比较全面的证据，是直接的证据，因为化石是保存在地层中的古代生物的遗体、遗物或生活痕迹．研究发现，不同的地层中埋藏着不同类型的生物化石：埋藏于较浅地层中的化石与现代生物结构比较相似，埋藏于较深地层中的化石与现代生物结构差别较大，并且越是古老的地层中发掘的生物化石结构越简单、低等，水生生物的化石越多；越是晚期的地层中发掘的生物化石结构越复杂、高等，陆生生物化石越多．这说明生物进化的趋势是：从简单到复杂，由低等到高等，从水生到陆生．
故答案为：简单到复杂；由低等到高等；由水生到陆生．