双链DNA中的碱基比单链DNA中碱基的堆积程度高,是由两条链配对碱基间的氢键引起的.所有的碱基都指向正确方向时,达到最大的氢键键合.已经被堆积的碱基更容易键合,已经被氢键定向的的碱基更容易堆积.
从嘌呤到嘧啶方向的碱基堆积作用大于从嘧啶到嘌呤方向的碱基堆积作用.