A、能直接构成物质的粒子有三种，即分子、原子、离子，所以正确．
B、分子和原子都是不停地运动着的，所以错误．
C、化学变化的过程是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子只能重新组合，所以错误．
D、化合物的分子是由不同种的原子构成的，如1个二氧化碳分子是由2个氧原子和1个碳原子构成的，所以错误．
故选：A．