当限制性内切酶作用于特定的DNA时,会把这段序列沿着特定的切点切开,这个过程分两种情况：
a：沿着中轴线切口（即沿着DNA双链中对应的磷酸二酯键）切开,得到的就是两个平末端；
b：在中轴线的两端切口切开,得到的就是两个黏性末端.例如:EcoRI限制性内切酶就可以识别G/AATTC的DNA序列,然后在G和A间切开,得到的就是两个黏性末端（之间可以根据碱基互补配对原则重组）