A、水、氢气，这两种物质都是由分子构成的，故A正确；
B、铁由铁原子直接构成、氧气由氧气分子构成，则“铁、氧气”不都是由分子构成的，故B错误；
C、“氯化钠、铜”不是由分子构成的，前者由离子构成，后者由原子构成，故C错误；
D、“氯化钠、水”不都是由分子构成的，前者由离子构成，故D错误．
故选A．