消化细胞的酶,主要和一种细胞器,溶酶体有直接的关系.
比如说细胞膜是磷脂双分子层,那么水解就需要磷酸酶,蛋白质水解就需要蛋白酶,等等.那么主要就是：蛋白酶、核酸酶、磷酸酶、糖苷酶、脂肪酶、磷酸酯酶及硫酸脂酶,这和细胞的组成成分是一样的.
发现溶酶体内有50余种酸性水解酶（至2006年）,包括蛋白酶、核酸酶、磷酸酶、糖苷酶、脂肪酶、磷酸酯酶及硫酸脂酶等.这些酶控制多种内源性和外源性大分子物质的消化.因此,溶酶体具有溶解或消化的功能,为细胞内的消化器官.