A、同源染色体的两两配对叫做联会，所以减数分裂中配对染色体一定是同源染色体，A正确；
B、男性的肌细胞中有X和Y这对同源染色体，B错误；
C、人的精原细胞是特殊的体细胞，含有同源染色体，C错误；
D、一条来自父方，一条来自母方的染色体不一定是同源染色体，如来自父方的第2号染色体和来自母方的第3号染色体，D错误．
故选：A．