A、草履虫属于单细胞生物，因此“一只草履虫”既属于细胞层次又属于个体层次，而“一只山羊”只属于个体层次，A错误；
B、皮肤由多种组织构成，因此属于器官层次，B正确；
C、“丰富度”是指物种丰富度，是在群落层次上对物种组成的分析，C正确；
D、细胞是最基本的生命系统结构层次，而生物圈是最大的生命系统结构层次，D正确．
故选：A．