首先,蛋白质合成时先是由小亚基的16S rRNA与mRNA结合,当mRNA与小亚基固定好后,大亚基才结合上来.这是细胞合成蛋白质的一种翻译水平上的调控方式.小亚基负责模板的固定和起始密码子的先把,大亚基负责是氨酰tRNA的入位,肽键形成,以及tRNA出位.
在原核生物中,由于一个mRNA分子可能编码多个蛋白质,所以一条mRNA上就有多个起始密码子,所以在一个蛋白质翻译完成之后,核糖体大小亚基会暂时分离,直到小亚基结合到下一个起始密码子后.