A．二氧化硅为酸性氧化物，但它是由氧原子和硅原子构成的晶体，且以共价键形成空间网状结构的原子晶体，不是分子晶体，故A错误；
B．金刚石是非金属单质，但它是由碳原子构成的晶体，且以共价键形成空间网状结构的原子晶体，不是分子晶体，故B错误；
C．氧化铜是碱性氧化物，但它是离子化合物，是离子晶体，不是分子晶体，故C错误；
D．所有的酸都是由分子构成，是分子晶体，如乙酸是由乙酸分子构成，是分子晶体，故D正确；
故选D．