根据题意得：AC=CD，∠ABD=90°．
在直角三角形ABD中，
∵AB=3000，AD=5000，
∴BD=

AD2−AB2

=4000
设CD=AC=x米，BC=4000-x（米），
在Rt△ABC中，AC²=AB²+BC²，
即x²=3000²+（4000-x）²
解得：x=3125，
答：该店与车站D的距离是3125米．