A、不同DNA分子的核苷酸的种类一般相同，有4种，A错误；
B、不同DNA分子的碱基对的配对方式相同，都是A与T配对，G与C配对，B错误；
C、不同DNA分子的空间结构一般相同，都是规则的双螺旋结构，C错误；
D、DNA分子中碱基对千变万化的排列顺序使DNA分子具有多样性，D正确．
故选：D．