A、种子萌发初期，未长出绿色叶片无法进行光合作用合成有机物，但萌发需要细胞呼吸提供能量，这会消耗有机物，所以萌发初期，种子的有机物总重量减少，A错误；
B、如果不及时排涝，豌豆根就会因缺氧而进行无氧呼吸产生酒精毒害细胞，B正确；
C、夜间细胞呼吸没有停止，仍能继续合成ATP，C错误；
D、叶片黄化，说明叶片缺少叶绿素，叶绿素主要吸收红光和蓝紫光，剩下的类胡萝卜素主要吸收蓝紫光，因此叶片黄化，叶绿体对红光的吸收减少，D错误．
故选：B．