A、这两对相对性状的遗传符合基因的自由组合定律和基因的分离定律，所以是由细胞核中遗传物质控制的，A正确；
B、荞麦的主茎颜色和瘦果形状两对相对性状独立遗传，符合基因的自由组合定律，B正确；
C、荞麦的尖果与钝果杂交后代自交分离比为3：1，符合基因的分离定律，所以是由一对等位基因控制的相对性状，C正确；
D、荞麦的绿色茎与红色茎杂交后代自交分离比为9：7，符合基因的自由组合定律，所以是由二对等位基因控制的相对性状，D错误．
故选：D．