曲霉菌丝有隔膜,为多细胞霉菌.在幼小而活力旺盛时,菌丝体产生大量的分生孢子梗.分生孢子梗顶端膨大成为顶囊,一般呈球形.项囊表面长满一层或两层辐射状小梗(初生小梗与次生小梗).最上层小梗瓶状,顶端着生成串的球形分生孢子.以上几部分结构合称为"孢子穗".孢子呈绿、黄、橙、褐、黑等颜色.这些都是菌种鉴定的依据.分生孢子梗生于足细胞上,并通过足细胞与营养菌丝相连.曲霉孢子穗的形态,包括分生孢子梗的长度、顶囊的形状、小梗着生是单轮还是双轮,分生孢子的形状、大小、表面结构及颜色等,都是菌种鉴定的依据.