肺鱼类有能够呼吸空气的肺及内鼻孔,所以很长时间里它们都被认为是最早的陆生四足类脊椎动物——两栖类的祖先或近亲.到了19世纪末期,肺鱼类作为两栖类祖先的地位一度被总鳍鱼类取代,原因是总鳍鱼类、尤其是其中的扇鳍鱼类的骨骼系统更加接近于早期的两栖类；而且,这些总鳍鱼类也具有所谓的可用于呼吸的内鼻孔；因此,科学界逐渐公认,总鳍鱼目扇鳍鱼亚目真掌鳍鱼科中的骨鳞鱼类是两栖类的祖先.
但现在学术界仍有新的发现,而且各派别也在争论中.