《伯杰氏细菌鉴定手册(第九版)》将原核微生物分为35群,归纳为四大类(或四个门)：
第一类,具细胞壁的革兰氏阴性真细菌；
第二类,具细胞壁的革兰氏阳性真细菌；
第三类,无细胞壁的真细菌；
第四类,古细菌.
《伯杰氏系统细菌学手册》第二版将原核生物分为古细菌和真细菌2个界,下设25门,39纲,89目,207科,包括852属,5000余种,分为五卷本出版.
第一卷,古生菌、深刻分支的和光能营养细菌
第二卷,变形杆菌
第三卷,低G＋ C含量的革兰氏阳性细菌
第四卷,高G＋ C含量的革兰氏阳性细菌
第五卷,浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和梭杆菌