A、农药对害虫的抗药性进行了定向选择，A错误；
B、害虫产生抗药性的原因并不是由外因引起的，而是内在的遗传与变异引起的，B错误；
C、使用某种农药来防治某种害虫，开始效果很显著，但长期使用以后，效果越来越差，原因是农药对害虫进行了选择，剩下的绝大多数都具有抗药性，C错误；
D、农药对害虫的抗药性变异进行了定向选择，D正确．
故选：D．