"Does your sister have breakfast?"
对的.
首先从语法上分析,这个句子是一般现在时的一般疑问句,主语是第三人称单数,符合：
Does +主语+动词原型+宾语?
这一结构,语法上没错.
其次,在意思上也说得过去,就是问对方的姐妹通常（在早上）吃不吃早餐.