A、乳酸杆菌与蓝藻均属于原核生物，原核生物没有成形的细胞核，但均具有细胞结构，A正确；
B、肺炎双球菌属于原核生物，没有成形的细胞核，噬菌体属于病毒，没有细胞结构，B正确；
C、酵母菌属于真核生物，具有成形的细胞核，C错误；
D、衣藻属于真核生物中的低等植物，具有细胞结构，D错误．
故选：B．