大质粒(大于15kb) 容易受损,故应采用漫和裂解法从细胞中释放出来.将细菌悬于蔗糖等渗溶液中,然后用溶菌酶和EDTA进生处理,破坏细胞壁和细胞外膜,再加入SDS一类去污剂溶解球形体.这种方法最大限度地减小了从具有正压的细菌内部把质粒释放出来所需要的作用力.
提取过程中的机械力可能使大分子DNA断裂成小片段,所以为保证DNA的完整性,各步操作均应较温和,避免剧烈震荡.如尽量减少酚/氯仿抽提、混匀过程要轻缓,以保证得到较长的DNA.