可以通过培养细菌,根据两种细菌形态分离后再测
或者使用高通量都一次测后使用序列比对/回贴技术还原即可
不知道你的目的是什么,如果已知细菌的序列,可以通过设计特异的引物,分别扩增出细菌的基因,再对相应的产物进行测序
还有,其他没想到的方法等~