这仅仅是状语句子,只有半个句子而没有主句.片面的结构分析如下：
——主结构：Archeologists sifted through the remains of an American Indian village at the mouth of the Coquille River
——方式状语：in what is now the city of Bandon.= in the remains which is now the city of Bandon 以现在的班顿市的样子.
其中 what is now the city of Bandon 是介词 in 的宾语从句,in what 并非是一个单独的意群.
根据猜测,有些名词很能是专有名词,如果是这样,提问时应该大写,不然容易误判.这半句话的意思可能如下：
当考古学家以现在班顿市的样子在扣克里河口仔细查看了美国印地安村庄的遗迹的时候,….