A、培养转基因抗虫棉的抗虫基因不是普通棉的突变基因，而是导入外源基因，A错误；
B、培养转基因抗虫棉的抗虫基因不是棉铃虫变异形成的致死基因，B错误；
C、培养转基因抗虫棉的抗虫基因不是来自线虫，而是来自苏云金芽孢杆菌，C错误；
D、我国科学工作者培育的转基因抗虫棉的抗虫基因来源于苏云金芽孢杆菌中的毒蛋白基因，该基因的表达产物毒蛋白能够抗虫，D正确．
故选：D．