两类文库的构建方法和目的的不同决定了其基因的分离和提取难易度不同.
基因组文库的部分基因（特别是不能表达形成mRNA的非酶切部分）很难通过某种方法从基因组文库中分离出来,从而影响了它们在物种间交流的可能性.
cDNA的基因中没有内含子、启动子和终止子.（最关键的原因）
基因工程中,如果用原核生物作为受体细胞,目的基因是来自真核生物的基因组文库的基因,真核生物的基因组文库的基因含有内含子,在原核生物体内没有内含子剪切酶,就不行,如果目的基因来自真核生物的cDNA文库的基因,其基因没有内含子,就可以用.