第二个正确
这是个含有宾语从句的复合句,起结构是：主句+ 连接词+ 宾语从句（ 宾语从句用陈述语序）
所以：I don't know where he is from?正确,意思是：我不知道他来自哪?不正确，应该是： I don't know who he is. “我不知道他是谁”