A、四倍体与二倍体芝麻存在生殖隔离，在理论上已经是一个新的物种了，A正确；　　　　　　
B、四倍体芝麻产生的配子中含有2个染色体组，则存在同源染色体，所以此配子是可育，B错误；
C、四倍体芝麻产生的配子中有同源染色体，故用花药离体培养成单倍体是可育的，用秋水仙素诱导成的不是单倍体，而是可育四倍体，C错误；
D、产生的花粉进行花药离体培养，长成的芝麻，由于没有经过受精作用，所以属于单倍体，D错误．
故选：A．