相遇是甲车走过的路程是：3.1×54=167.4（千米）；
则上海到南京的距离是：（167.4-12.4）×2=155×2=310（千米）；
甲乙两车的速度和是：310÷3.1=100（千米/小时）；
所以乙车速度为：100-54=46（千米/小时）；
答：乙车每小时行46千米．