汉语肯定是“你想要哪些铅笔?”而你看成是“你想要那些铅笔?”了.
“你想要哪些铅笔?”的答案是：Which pencils do you want?
“你想要那些铅笔?”的答案是：Do you want those pencils?
可能是你理解错了,另外你的句子中的that应该改成those,用复数形式.