由于DNA中A与T配对，G与C配对，因此A=T，G=C，由题意可知，双链DNA分子中，C占总碱基数的22%，那么G=C=22%，A=T=28%，又知，其中一条链上的A占该碱基数的20%，则占该链中的A占双链DNA分子碱基的10%，互补链链的A占双链DNA分子碱基总数的28%-10%=18%，因此互补链上的A占该碱基数的2×18%=36%．
故选：C．