生物安全柜（BSC）主要是为了保护操作者和外界环境的,其操作区为负压,气流是从柜外流向操作区,因此,I型BSC不保护操作样品.但II型BSC可用经HEPA过滤的气流形成的层流屏障保护样品,使外界的污染风不直接吹向样品.
超净工作台只保护样品,气流多是从柜内流向柜外,只用于操作对象对人和环境无害的样品,如为含病原菌的样品则会被气流吹到操作者和柜外环境中,因此严禁用于病原微生物的操作!
所以,致病菌最好在II型生物安全柜内（III型为手套箱式,更安全,但一般没必要）操作,可即保护操作者也保护样品.