It is. that...是一个强调句型
that 在这里并不是一个引导从句的关联词,后面那句也不是什么从句,而是整句话是一个It is. that..的强调句型.
It is. that...的用法：将被强调的部分放在前面,其它部分置于that之后.被强调部分可以是主语,宾语,表语或状语.
该句子强调的是状语,即through learning.
如果去掉强调句型,正常的是the individual（主语） acquires（谓语） many habitual ways（宾语） of reacting to situation（宾补） through learning（状语）.