does he
句子前面部分因为有了little所以具有否定含义,那么后面就要用肯定,has在这里是一个实意动词,反意疑问句的时候要借助动词does 所以答案是does he.
至于句子本身,也不是非得过去时才讲的通,一般现在时可以表示一种习惯,he has little breakfast这句话表明不吃早饭是他的习惯