A、磁通量有大小，没有方向，但有正负，是标量，故A错误；
B、磁通量与磁感应强度无关，当磁通量越大，磁感应强度可能不变，故B错误；
C、当磁感线与线圈平行时，穿过线圈的磁通量为零，而磁感应强度不一定为零，故C正确；
D、磁通量是穿过线圈的磁感线的多少，而磁感应强度是描述磁场的强弱，两者不是相同的概念，故D错误；
故选：C