A．氢氧化钡中钡离子和氢氧根离子之间存在离子键、O原子和H原子之间存在共价键，为含有共价键的离子化合物，故A正确；
B．氯化钙中氯离子和钙离子之间只存在离子键，故B错误；
C．水分子中O原子和H原子之间只存在共价键，为共价化合物，故C错误；
D．氢气分子中H原子之间只存在共价键，为单质，故D错误；
故选A．