A、呼吸酶的作用是催化细胞的呼吸作用，A错误；
B、蛋白酶能催化蛋白质水解，B正确；
C、转氨酶是在氨基酸的氨基转移过程中起催化作用，不催化肽键断裂，C错误；
D、脱氨基酶是在氨基酸进行脱氨基过程中起催化作用，不催化肽键断裂，D错误．
故选：B．