A、一个池塘中的所有鱼，只包括了生物部分的部分植物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．
B、一块农田中的全部麦苗，只包括了生物部分的部分植物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．
C、一片草原和草原上的羊群，只包括了生物部分植物和部分动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．
D、沙漠及沙漠中的所有生物，既包括了此沙漠所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．
故选：D．