穴居蝙蝠的主要天敌主要有蛇类,蜥蜴等；树栖型（一些果蝠）的天敌还有一些猛禽和猫科动物.
蝙蝠还有的天敌就是人类,如关岛大蝙蝠就是因为当地人的捕食而灭绝的.