从细菌鉴定角度而言,细菌形态受培养方法、培养基、培养时间等因素影响.细胞形态基本稳定；菌落的形态学包括菌落大小、形状、高度、边缘、颜色、表面状态、密度、硬度.菌落形态学一般在培养24～48 h内肉眼观测,不同培养基菌落形态学可发生变化.菌落形态学对于菌种的鉴定有重要价值（如弧菌种类的鉴定）.
细胞形态学主要是指用显微镜观察细菌细胞大小、形态、细胞排列方式、细胞的特殊结构等描述细菌细胞形态的科学.细菌的细胞形态观察包括细菌的整个细胞周期,包括细菌形态、革兰染色、抗酸染色观察、内芽孢染色、鞭毛观察等.
二者之间是否存在内在联系及原因尚待进一步研究.