限制性核酸内切酶大多存在于微生物体内是与微生物的进食与消化方式有关.很多微生物的进食都通过内吞（胞饮）完成,其消化方式为细胞内消化.内吞就会吞进含有核酸的其他微生物,这些核酸如不及时处理就会影响细胞内的遗传信息,同时核酸的基本组成单位核苷酸也是微生物的必须营养,但又不能像多细胞生物,多细胞生物中消化方式为细胞外消化,在细胞外消化的好处就是可以对外来核酸毫无顾忌地用核酸酶分解为核苷酸,而细胞内消化则既要消化外来核酸又要保护自己的核酸不受伤害,为此上帝创造了限制性核酸内切酶.
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