细菌的结构包括细胞壁、细胞膜、细胞质、未成型的细胞核；真菌的结构包括细胞壁、细胞膜、细胞质和细胞核．所以真菌和细菌在结构上最大的区别就是真菌有成形的细胞核，细菌无成形的细胞核．酵母菌属于真菌．因此酵母菌与细菌在结构上主要的区别是酵母菌有成形的细胞核．
故选D．