根据染色体-基因理论,基因在染色体上按一定的顺序和距离呈线性排列,相邻两基因位点之间发生断裂和交换而形成重组型配子的几率与二者间的距离呈正相关,即距离越大,断裂和交换而产生重组型配子的几率也越大.因此,两基因间相对距离的大小可以用交换率来反映.规定1%的交换率称为一个遗传图距(1cM = 1Mbp),两基因间的相对距离(遗传距离)用两基因的交换率来表示.交换率越小,表明两个基因间的距离越近,连锁越紧密；反之,交换率越大,则两基因间距离越远,连锁越松散.连锁分析就是要测定基因间的交换值,并确定基因间的排列顺序,绘出连锁遗传图(linkage map).通过连锁分析可以确定基因在染色体上的相对位置,因此也称为基因定位(gene location).