in with原因介词in表示方式，后跟宾语的pencil是表明这种用具，是泛指意义，不能用冠词限定；而介词with表示“用”，后面要出现具体的物品，pen是可数名词，用a加以限定，指的是钢笔这类事物中不确定的一个。