A、CO₂的生成为呼吸作用过程，发生在线粒体基质，A错误；
B、胃蛋白酶为蛋白质，合成场所为核糖体，B错误；
C、mRNA在细胞核内或线粒体内合成，可不在细胞器中进行，C正确；
D、ATP的合成发生在细胞质基质或线粒体，可不在细胞器中进行，D正确．
故选：CD．