因为虽然汉语都翻译成“但是”,但是他们的表达的意思却完全不一样.
but侧重于强调不同,though侧重于强调相同.
像你这个句子,如果是要表达：虽然他们是双胞胎,但是他们还是有不同的,这就是要强调不同,那这个句子应该是They are twin brothers ,but they have difference.
但是这句话要表达的明显是说,这个两双胞胎长得很像,虽然有一些不同.总体来说是侧重于相同,不同只是作为一点补充,所以应该用though.