A、根据题干信息，种皮细胞仍属于母本细胞，内含四个染色体组，基因型为aaaa，A错误；
B、取四倍体母本aaaa的卵细胞aa，培养成单倍体，体细胞中含2个染色体组，基因型为aa，但处于有丝分裂的后期，着丝点分裂，则染色体数目加倍，B错误；
C、胚乳是由一个精子和两个极核形成的，细胞内含五个染色体组，基因型为Aaaaa，C错误；
D、子叶是由受精卵发育而来的，细胞内含三个染色体组，基因型为Aaa，D正确．
故选：D．