1.1665年11月,创立正流数法(微分)；次年5月创立反流数法(积分).微积分学的创立,被恩格斯誉为17世纪数学领域的三大发现之一.
2.1666年,牛顿购得一块玻璃三棱镜,开始研究色散现象.没有实验室,他就把自己乡下的房间弄暗,在窗板上开一个小孔,以便适量的阳光射入室内,把棱镜安置在窗孔上,光通过棱镜折射到对面墙上.牛顿在墙上观察到：比原白光点长数倍的彩色光带.最后研究得出：白光本身是由折射程度不同的各种彩色光所组成的非均匀的混合体,这就是牛顿的色光理论,即光色原理.
3.1666年,牛顿又开始研究重力问题,传说牛顿在树下读书,看到苹果落地,而悟出地球对苹果有引力,还把这种引力理论推广到月球轨道上去,并利用开普勒定律推导出：使行星保持在它们轨道上的力必定与它们到旋转中心的距离平方成反比.这就是大家熟知的万有引力定律的雏形.即万有引力定律.